המרכז פועל כיום בתחומים הבאים:

1. פותחים דלת:

שיעורים, הרצאות, סדנאות ובתי מדרש לקהל הרחב המאפשרים מפגש מחודש עם אוצרות התרבות היהודית: מקרא, מדרש, תלמוד, ספרות עברית, פילוסופיה יהודית, ועוד.... הלימודים במרכז מזמנים הזדמנות לעיון רחב בארון הספרים היהודי במבט רענן, אקטואלי ורלוונטי לימינו. כ-4.000 משתתפים לוקחים חלק בתוכניות לימוד ואירועים מיוחדים מידי שנה.

2. צעירים במרכז:

 מאות בני נוער וצעירים משתלבים בתוכניות המרכז. תוכנית הדגל שלנו "מנהיגי העתיד" מיועדת לטיפוח נוער בדרום הארץ העוסק בזהות יהודית-ישראלית בחברה רב-תרבותית, מתוך גישה פלורליסטית. בפרויקט משתתפים כל שנה כ - 250 בני נוער. כמו כן מקיים המרכז תוכניות לבני ובנות מצווה וסמינרי זהות לחטיבת הביניים והחטיבה העליונה.

3. "אופק":

 מאז שנת תשס"ה מתקיימת במרכז תוכנית "אופק"* המיועדת לסטודנטים מחמ"ע, המתגוררים במרכז לומדים, מטיילים, ומתנדבים בארץ. הלימודים מוקדשים להיסטוריה יהודית, תרבות ישראל, ציונות, לימודי השפה העברית וכיו"ב. *(התוכנית מתקיימת בתמיכת "מסע" של הסוכנות היהודית).

4. "צהלי":

 בראשית שנת תשס"ז הקים מרכז יעקב הרצוג את המכינה הקדם צבאית הראשונה בישראל לבנות דתיות. הבנות לומדות, מתנדבות ופעילות באזור שנה שלמה לפי הגיוס לצה"ל. המכינה מבקשת להעצים אותן כנשים דתיות ולהכשירן לשירות משמעותי בצה"ל ולחיים של מעורבות ואחריות אזרחית בחייהן הבוגרים. בשנת תשס"ט תיקחנה חלק במכינה מעל 40 בנות.

5. קליטה תרבותית:

 מאז הקמתו עובד מרכז יעקב הרצוג עם עולים חדשים, בייחוד עם עולים ממדינות בריה"מ לשעבר. מורים, סטודנטים ופעילים בקהילות העולים משתתפים בתכניות השונות, העוסקות בתרבות היהודית-ישראלית ובמפגש שבין התרבויות השונות בחברה בישראל. במרכז מתקיימות השתלמויות למורים-עולים בנושאי "עם וארץ" וכמו כן אנו עובדים בשיתוף עם צוות המורים של ביה"ס המשלים "אימפולס". בשנת הלימודים תשס"ט תיפתחנה שתי תוכניות חדשות "מורים לחיים"  - המיועדת לדיאלוג בין מורים ותיקים ולמורים עולים חדשים ו"ממוסקבה לירושלים" תוכנית לעולים נבחרי ציבור ברשויות המקומיות.

6. השתלמויות לאנשי חינוך בישראל ובתפוצות:

מורים המשמשים כסוכני שינוי בחברה הם אחד מהקהלים המשמעותיים שאליהם פונה מרכז יעקב הרצוג. המרכז מקיים ההשתלמויות לאנשי חינוך ומלווה "חדרי מורים" המבקשים לחדש את שיח הזהות היהודית בבית ספרם.

מתוך מחויבות לעם היהודי מקיים מרכז יעקב הרצוג בארץ ובקהילות בחו"ל השתלמויות למורים יהודים מארגנטינה, פרו, אורוגוואי, מקסיקו, ארה"ב, אנגליה, הונגריה, חמ"ע וכו'. התכניות עוסקות בשאלות של זהות יהודית וחינוך ומקנות למורים כלים דידקטיים וחינוכיים.

7. אישה אל אחותה

המרכז מקיים תוכניות עבור נשים דתיות ותוכניות עבור נשים מרקעים תרבותיים שונים בפריפריה  הדרומית של מדינת ישראל. מטרותיהן של תוכניות אלו: לפתוח את ארון הספרים היהודי גם בפני נשים שהודרו מהשיח המסורתי ולעורר שיח חדש בנושאי נשים ויהדות במרחב שבין הזרמים השונים.